蒋经国在对党外的处理上，采取了开明派的主张，除对制造街头动乱的肇事者本人严惩外，对一般参与者采取较为温和的做法，给人以不想中断“民主化”进程的形象。正如一些专门研究蒋经国的专著中指出的那样，在“高雄事件”善后问题上，他在四个方面做了转向工作：降低处理事件的调门，表示当局绝不会借“高雄事件”进行所谓“大整肃”；逐渐缩小打击面，为已经开始膨胀起来的打击党外势力的高压政策减压；三是设法平息高雄地区民愤，将已入狱一年的党外大老余登发“交保就医”；强调继续进行民主革新，表示高雄暴力事件“不会影响我们推动民主法制的既定政策及决心，民主法制之路，是我们一定要走的路”。蒋经国的四个方面的转向工作，显出他要比专制开明得多，比西方的民主要复杂得多，比保守派要明智得多，比开明派要慎重得多，比党外要狡猾得多。他的四条，既可以应付保守派，又可以让开明派满意，还可以让党外人士放心，即使在爱管东方人闲事的西方人那里也就没话可说了。
蒋经国的任何主张和国民党内的任何决策都将落实在具体的审判中。1980年2月20日，“警备总司令部的军事检察官”正式宣布，涉嫌“高雄事件”叛乱案的黄信介、施明德、姚嘉文等8人，已经侦查结束，并已起诉。
8名被告聘请的律师有15人，他们是毕业于台湾大学法律系的张政雄、江鹏坚、谢长廷、苏贞昌、郑胜助、张俊雄、张火源、陈水扁、吕传胜、高瑞铮、郑冠礼，毕业于东吴大学法律系的郭吉仁、李胜雄，毕业于政治大学法律系的尤清、郑庆隆，他们都是“充满正义感的一时俊彦”。3月18日上午9时零3分，为全岛和国际社会所关心的军法大审终于开场。几乎审判长和律师每场必争，每争必吵，每吵必僵。
公开审讯一共进行了9天。4月18日军事法庭举行公开宣判，以“意图以非法之方法颠覆政府而着手实行”的罪名，判处施明德无期徒刑，褫夺公权终身，施明德成为两次被判处无期徒刑的人；判处黄信介14年徒刑，褫夺公权10年；判处姚嘉文、张俊宏、林义雄、林弘宣、吕秀莲、陈菊有期徒刑12年，褫夺公权10年。被告不服，提出“原判决主文与理由严重矛盾；原判决认定事实，无中生有；原判决引用供词，断章取义；数十项证据声请，无一调查；被告自白均出不当方式、违法取供；所谓夺权计划，人证两缺，不足采信；原判决以被告演讲办杂志，推断叛乱”等“十大理由”要求取消原判，由军事法庭移交司法部门复审。上诉“国防部高等复判庭”被驳回，维持原判。
5月21日至26日，台湾地方法院开庭审理周平德、杨青矗、王拓等33名嫌犯，周平德、杨青矗、王拓被判处6年徒刑，还有26人也分别被判处有期徒刑。他们不服，上诉后略有调整。“高雄事件”的审判至此基本结束。
与军法大审同期，台湾又发生两起与之有关、震惊台湾的事件，也对台湾政治发展都产生了重要影响。
“林义雄灭门血案”。1980年2月28日，被列为“高雄事件”要犯的林义雄家里，发生惨案，59岁的老母、孪生女林亮均和林亭均被杀，8岁的大女儿林奂均被砍成重伤，林义雄的夫人方素敏正巧到监狱联系事务而逃过劫难。血案发生后，台湾当局同意林义雄出狱料理丧事，不久又收监服刑。警方当时信誓旦旦地表示一定要及时破案，也有计划，也有行动，也有文宣，可就是没有破案。“林家血案”使得因“高雄事件”后弥漫全岛的恐怖气氛达到顶点。这一残忍的、血淋淋的惨案，使得一些党外被捕人士的家属，开始与当局合作，接受当局的安排，听任当局的摆布，甚至失去斗志。同样，“林家血案”，一方面加重了台湾政治恐怖的气氛；另一方面，则升高了人们对被军法审判的“高雄事件”当事人的同情。
“高俊明案”。逃亡25天的施明德被捕后，帮助他逃亡的许晴富等9人很快被捉拿归案。4月24日，台湾“基督教长老会”高俊明也被逮捕。台湾“基督教长老会”在台湾已存在100多年，有960多个分会和16万名教徒，是当地历史最悠久、教徒也最多的基督教组织。高俊明是一个带有浓厚政治色彩的人物，早在70年代初兴起的当代台湾的第一次民主化高潮中，在他主持下，“长老会”就发表了《台湾基督教长老教会对国是的声明与建议》，第一次在岛内公开提出了“台独”的主张，一再叫嚣“台湾的将来应由台湾1700万住民决定”。此次，高俊明既是藏匿施明德的主犯，又是公开宣扬“台独”的分裂分子，台湾当局顶住宗教界和西方的压力，判处高俊明7年徒刑。同案犯许晴富被判刑7年，林文珍被判刑5年，余下的7人各被判刑2年。
“高雄事件”在当代台湾历史上留下了很深的痕迹，而与之同时的“林义雄灭门血案”、“高俊明案”又对“高雄事件”的审判和定刑产生过直接的影响，对岛内的政治也产生了一些作用。“高雄事件”的发生，只是朝野双方长期斗争的继续，更是范围更广阔、性质更严重、程度更激烈的下一轮斗争的序幕。“高雄事件”在台湾政治发展史和社会变化过程中，具有某种“界碑的作用”，正是在这个事件的冲击下，台湾进入了一个新的政治发展阶段。即无论是国民党还是党外势力，都开始调整各自的政治路线和斗争策略，在结束过去的论争方式的同时，开始新一轮的竞争。
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