部队转业干部周凌云在家乡办了一家中外合资的药厂，由于他经营中药有方，业绩不俗。几年后，老战友陈之江和妻子冯笑冰也从部队转业，陈之江主动放弃了政府给他安排的有优厚待遇的工作，一心想去老战友周凌云的厂子上班。陈之江在周凌云的药厂做后勤，他苦学制药知识，利用业余时间学习管理跑销售，很快成为一名合格的副厂长。一年后陈之江通过一项业务，认清了合资方日本某企业的嘴脸，揭穿日方唯利是图的真相。陈同大股东日方矛盾突起，陈不愿让身为小股东的周为难，主动离开合资药厂。陈为了有一天也能办起自己的药厂，开餐馆、贷款、找担保、寻找项目费尽周折，在老战友们的帮助下，终于找到一祖传秘方，准备筹建之江药厂。不料周为自己的合资药厂也一心想买下这一秘方，二位昔日曾在战场上把生留给战友，把死留给自己的战友，却在今天的商场竟争中遍体鳞伤。
当中国加入WTO后,四位老战友猛然意识到，作为新一代中国民营企业家，他们应站在一起，在同一战壕联合起来，把具有中国自主知识产权的中成药打入国际市场，把中国的企业做大做强。
和一般军旅题材电视剧不同的是，该剧不是发生在兵营，而是发生在商战。编剧、导演从1999年起，就先后深入江苏、浙江、河南等多家由复转军人创办的制药企业进行采访，积累了大量生动的资料，记录下了许多感人的故事。严格来讲《兵心依旧》不能算是纯粹的军事题材戏，而是一部社会题材作品。从创作的第一天起，主创人员就把它作为与现役军人有着紧密关系的主题来讲述的，把它看做军事题材的延伸和拓展，从另一个侧面去揭示军人生活，展现军人品格和精神