国民党失去政权的最直接原因应是国民党的内斗与分裂。20世纪90年代初，新党的出走使国民党失去了一批优秀的中青年人才与政治精英。在2000年台湾领导人选举前，因党主席李登辉阻挠连战与宋楚瑜合作，迫使宋楚瑜脱党独立参选，国民党的这次选举分裂直接让民进党从中渔利，国民党失去了在台湾长达50年的执政权。
国民党的党内斗争并没有因为失去政权、李登辉被迫辞去党主席与退出国民党而有所好转。相反，李登辉的阴影及其极端本土势力在党内仍具影响力，直接影响着国民党的改造与团结，也是国民党分裂与内斗的主因与未来东山再起的一大障碍。
国民党改造刚开始时，李登辉的人马不满台北市长马英九处理群众要求李登辉下台的游行抗议做法，将矛头对准了党内精英与社会形象良好的马英九。马英九不仅未能成为国民党改造委员会的成员，而且不断受到党内这批人士的指责。李登辉及其在国民党内的旧势力，千方百计地破坏国民党的团结，要继续铲除党内的优秀人才。这同昔日李登辉搞垮国民党、将权力转移给民进党的思考逻辑与做法是一致的，即要通过国民党内的斗争让民进党继续执政。
由于选举失败造成的李连心结，在党内出现“拥李派”与“拥连派”两大势力，也是国民党改造的重大隐患。对国民党在上次台湾领导人大选中的惨败，“拥连派”将失败的主因归于李登辉，认为党主席李登辉应负最大的责任。特别是对李登辉在选举的最后关键时刻，未能按选举智囊的计划，公开发表遏制“弃连保陈”效应的演讲稿，引起“拥连派”事后的强烈不满与批评，也直接导致李登辉的提前辞去党主席。“拥李派”则对此表示不满，发表对连战的不利言论。这两种力量在党内的斗争一直在持续，而且在党内变为本土派与非本土派的斗争。
大选失败后，党内斗争在“立法院”的次级团体中的表现更为明显。当时，“立法院”内国民党的次级团体颇多，包括“台联会”、“新台湾问政联盟”、“亲政会”、“亲民会”、“协和会”、“改革会”、“原住民问政会”、“E世代问政联盟”、“国大联谊会”、“新台湾政策研究基金会”等。其中，这次台湾领导人选举后成立的“改革会”与“E世代问政联盟”，分别是拥连与拥李的主要团体。“改革会”成员包括了丁守中、朱立伦、陈学圣、郭素春、卢秀燕、赵永清、黄明和、章仁香与许舒博等人，多为连战的竞选智囊人物。“E世代问政联盟”则具有强烈的本土色彩，走的是以台湾意识为主流的李登辉路线，其成员包括陈鸿基（会长）、徐中雄、林炳坤、林建荣、林志嘉、陈根德、郑永金、陈杰儒、翁重钧、黄敏惠、王昱婷、刘宪同、林国龙等人。据报道，“E世代问政联盟”部分成员在台湾领导人大选时，便采取“非连即扁”的态度，极力主张不能让宋楚瑜当选。选后，党内有人多次主张连宋合作，该团体有人扬言，如果让宋楚瑜回国民党，他们只好选择民进党。后来，有些成员加入了台联党，有些加入了民进党，陈杰儒加入了无党籍联盟，即使留在党内的，仍是一股与党中央不能保持一致的本土势力。可见国民党内的极端本土势力或拥李势力，成为制约国民党改革与重新夺回政权的重大障碍。
党内两种势力的斗争最终导致李登辉被清除出国民党，国民党再次分裂。以李登辉为首的一批走“台独路线”的国民党成员出走，成立了以前国民党成员为主的台湾团结联盟党，并成为民进党的战略合作伙伴，也是反国民党的一股“台独”势力。
在国民党失去执政权后岛内又一次重大选举即2001年底“立法委员”选举中，由于李登辉的被清除、部分国民党本土派加入台联党参与选举及提名策略的失误，国民党再次遭遇重挫，从“立法院”第一大党沦为第二大党，失去了“立法院”的主导权。在新一届“立法院”运作中，国民党内仍不能高度团结，不断有“立法委员”站在党的对立面，与民进党为伍，迫使党中央不得不采取果断措施，开除已无党性的“立法委员”，国民党在“立法院”的席次再度减少，国民党力量继续下降。同时，民进党通过权力与金钱的利诱，一些国民党老党员、重要干部投奔敌营。时至今日，国民党内亲李登辉的极端本土势力并没有完全终结，仍制约着国民党的纯洁度与发展。
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