国民党的成长与发展，始终无法逃脱派系政治的痕迹。派系政治的结果是，国民党内无法高度团结，任人唯亲，近亲繁殖，人事倾轧，权力腐败，严重影响国民党的发展。
蒋介石掌握国民党大权后，为巩固自己在党中央的势力，发展出以黄埔系统为嫡系的权力人脉关系，同时党内不同实权派也形成各自的政治势力，掌握相应的权力部门。这种派系政治在抗战时期达到高峰，当时国民党中央的派系主要包括了CC派（陈果夫与陈立夫兄弟领导的国民党中央组织系统即“中统”）、军统系（主要是以戴笠为领导核心的特务系统即“国民党军事委员会统计调查局”）、孔宋集团（以孔祥熙与宋子文为代表的财经部门）、政学系（在行政系统上辅助蒋介石统治的一批原“政学会”的势力）及团派（主要是以“三民主义青年团”为核心形成的一批政治势力）等五大集团。这五大派系均是国民党内部依附蒋介石的不同政治势力，另外还有与蒋介石抗衡的孙科太子派、汪兆铭派、胡汉民派以及西山会议派等。这种派系的存在，影响了国民党内部的团结与发展。
国民党接收台湾时起，派系政治开始延伸到台湾权力体系之中。当时，曾在大陆发展有成的台籍人士成为国民党接受的要员，纷纷返台担任政府部门要职，形成一股政治势力，被称为“半山派”（即半个大陆人，半个台湾人），而且以陈仪为首的接受要员在发展自己政治势力的同时，也与台湾岛内原有的政治势力“阿海派”（以蒋渭川与许丙为代表）与“台中派”（以林献堂与杨肇嘉为代表）展开结盟，形成战后初期台湾政治派系结构。不同政治派系或政治势力之间，为权力或经济利益展开了较量与争夺，特别是台湾本土性的政治势力或派系，为壮大实力，迅速向地方渗透，逐渐形成以地域为主的地方派系。
蒋介石政权败退台湾后，对其在大陆的失败及台湾“2·28事件”进行了深刻反思，除加强党的改造外，对统治集团内部的派系进行整顿与重新定位，运用各种方式削弱或清除既有的派系势力。蒋介石通过一系列的分化、牵制与流放等办法基本上将原党中央的五大派系解组，重新确立了蒋介石的威权统治与部署了蒋经国的接班之路。同时，为了巩固政权，蒋介石也对台湾光复初期出现的全岛性派系或政治势力进行整顿，但却容许地方派系的存在与发展，以利用其作为地方选举的动员力量。
国民党当局采取的重要策略是，通过各种制度性的设计或政策性的安排，压缩地方派系的势力范围，让其局限于县市以下的层次发展，避免地方派系出现跨县市范围的全岛性大派系，同时避免其与国民党中央或政府权力内部政治势力结盟。为此，国民党当局在政策上采取长期不改选“中央民意代表”，不举办省长及直辖市长以上的行政首长选举，禁止在议会发展次级团体，杜绝跨县市或全岛性串连。为便于操控，在每一个县市扶持至少两个以上的派系存在，以达到派系之间的制衡与控制。同时，国民党中央通过给予地方派系特殊的经济利益以换取其在政治上的支持与政治结盟。
地方派系就是以一定地域为范围的区域性经济政治联盟，它依靠庞大的社会关系网，控制了地方重要权力机构与经济社会资源，在选举中进行政治动员，在经济上进行利益交换与分配，甚至与黑社会势力勾结，形成地方强大的社会政治势力。一个县市一般有两个以上的地方派系，每个派系有一个或多个派系领袖。派系领袖基本上当选过县市长或县市议会正、副议长。每个派系都有自己的一批政治人物或地方实力派人士，如“立法委员”、县市议员及议长、县市长、乡镇市长、乡镇市民代表、县市及乡镇市农会理事长或总干事、水利会会长等。目前。除了台北市外，其他省属县市及“行政院”直属高雄市均有不同程度的地方派系存在。
1以乡市镇为主的台北县地方派系。台北县人口众多，社会发展程度高，无法形成全县范围内的地方派系，多是以地区与市镇为中心形成的乡镇市地方派系。县议会仍主要由地方派系领袖或代表所掌控。主要地方派系包括：板桥市的刘派、郭派与邱派；中和市的林江派与吕游派；新庄市的国治派与联合派；淡水镇的麦派与陈派；瑞芳镇的李派与戴派；五股乡的林派与陈派。
2为数众多的桃园县地方派系。桃园县既是一个人口大县，也是一个客家人居住最为集中的地区之一，这种社会结构也影响到地方派系的形成特色。其派系主要是政界人物结合宗亲势力而成，并形成典型的北区与南区两大地域派系。北区有老派与新派（也有人分为老派、中立派、亲客家派与新派）；南区有吴派、叶派、张派、林派、邱派、刘派，其中又以吴派与刘派力量最大。其中，以吴伯雄家族为代表的吴派势力主要集中在龙潭乡农会、桃园汽车客运公司、新竹区中小企业银行、省营银行、新国民综合医院、中坜医院与新生医院等。
3地域性甚强的新竹县、市地方派系。新竹县市客家人居住较为集中，宗亲力量庞大，与派系势力不相上下。早期派系较多，包括老年派、西许派、东许派、朱派、邹派、竹东苏派与竹东宋派。在1982年新竹市从新竹县升格为省辖市前，新竹县的两大派系即为许金德领导的西许派与许振乾领导的东许派，均以新竹市为经营中心。新竹市独立出来后，派系势力主要在新竹县发展，而新竹市派系在都市化发展中逐渐弱化。目前该县派系主要为西许派与东许派，前者以新竹货运公司为中心，后者以新竹客运公司为中心。西许派势力主要集中在新竹县农会、新竹市第二（三、十）信用合作社、新竹汽车客运公司与新竹区中小企业银行等；东许派势力主要集中在大湖乡农会、新竹市第一（二、五、十）信用合作社、东区合作社、竹北乡合作社、新竹青果合作社与新竹汽车客运公司等。另外，以前头溪为界，在溪南与溪北有不同的以乡镇为范围的小派系。
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