李登辉主政后，同时三面出击。一是在党内清理异己，压制不同意见，把非主流派的势力和影响压缩到最小限度。二是在两岸关系上，一边发展两岸各种交流，一边强调“分裂、分治”，凸显台湾的“政治实体”，走向国际争取“实质独立地位”，在背离一个中国原则道路上越走越远。三是进行政治体制改革，全力扭转蒋家父子式的专制统治，仿效西方政治体制重组台湾地区的政治结构。在这一场由“专制政治”向“多元政治”的演变中，岛内的政治体制发生重大转变。
随着国民党内部权力结构的重组，李登辉和主流派开始控制全局，台湾当局对“台独”的态度和立场起了根本变化，由蒋家父子时期对“台独”势力的严厉管制和依法惩处，转向放任自流和朋比为奸，“台独”势力登堂入室，空前嚣张。
台湾出现“台独”怪胎，有着特殊的原因。
首先，国民党有着不可推卸的责任。台湾光复后不久发生的“2·28事件”，给台湾同胞造成严重的心灵创伤。国民党当局在上世纪50—60年代间推行省籍歧视，台湾人民产生出难以摆脱的“二等公民的屈辱感”，“台独”势力将其作为宣传“国民党是外来政权”、“省籍矛盾就是民族矛盾”的依据。国民党实施“三不政策”，两岸互不往来，得以维持“中华民国在台湾”，国民党的这种“独台”政策刺激了“台独”的发展。特别是李登辉主政后，对“台独”势力姑息养奸，宣扬“中华民国在台湾存在”、“管辖范围为台澎金马”，造成了“独台”和“台独”的合流。
其次，由于台湾所处的地理位置和近代史上台湾被外国强占所带来的两岸长期隔绝的事实，容易被“台独分子”利用来作为鼓吹“生命共同体”、“台湾民族”的思想和观点。近代以来，台湾人民先是遭受外国殖民者的压迫，光复后又遭受国民党的残酷统治，因而产生了摆脱受异族蹂躏和受外省人排挤的区域性群体意识，有着强烈的“出头天”的意愿，希望当家做主，希望掌握自己李登辉（中）与彭明敏（左）、陈水扁（右）在一起的命运。这种“出头天”在“台湾意识”的作用下，分裂情绪和意识随之产生。
第三，美国等西方反华势力，为制衡、削弱中国，早在上世纪50年代就提出“台湾地位未定论”，80年代又提出“台湾主权待定论”，90年代美国前驻华大使李洁明更是提出“中国对台湾主权观过时”的谬论。不仅如此，日本、美国成了“台独”势力的孳生地和集中地。更有甚者，美国以支持国民党当局在台湾的统治为筹码，一再要求台当局放松对“台独”的限制，为“台独”势力迁回台湾和在岛内滋长、蔓延创造条件。所以说，美国、日本等国际势力的支持、帮助，是“台独”产生、发展、泛滥的重要原因之一。
在20世纪90年代之前，台湾岛内的“台独”活动，基本处于非法和地下状态，生存不易，活动更难，因而主要是在海外存在和发展，美国和日本等成为“台独”的主要庇护地，出现过在日本活动、以廖文毅为核心的“台湾再解放联盟”、“台湾独立联盟”和“台湾共和国临时国民议会”等“台独”组织，在美国活动的有“台湾人的自由台湾（三F）”、“台湾独立联盟（UFI）”、“全美台湾独立联盟（UFAI）”和“全球台湾人争取独立联盟（独盟）”等“台独”组织。海外的“台独”活动，在90年代之前，由于台湾当局对“台独”势力依法严厉制裁，所以岛内受海外“台独”势力的影响不大，成不了气候。
在岛内政坛上，最早提出“公民自决台湾前途”主张的，是1971年12月29日“基督教长老教会”总干事高俊明在《台湾教会公报》上发表的“对国是的声明与建议”一文，声称“台湾的主权是属于台湾人民的”。此一口号，后来被党外势力和民进党接过去，作为竞选和问政主题之一。李登辉上台后，“台独”的政治环境开始宽松，民进党加快了“台独”的步伐，在1988年4月召开的“二届一次临时全会”上，通过了“4·17决议”，公开宣称“台湾国家主权独立”。1990年6月，民进党抛出“民主大宪章”，主张两岸为“两国两府”；10月间，在民进党“四届二次大会”上，又通过“台湾主权决议案”，以“事实主权”来否定“法定国家主权”。1991年8月，民进党召开“人民制宪会议”，通过“台湾宪法草案”，明确提出“建立台湾共和国”，在10月召开的第五次代表大会上，公然将此主张纳入党纲，声称“基于国民主权原理，建立主权独立的台湾共和国暨制订新宪法，应交给台湾人民以全民投票方式选择决定”。至此，正如当时新当选的民进党主席许信良所称，“民进党就是台独党”。尽管从1995年初起,民进党内不断有人出来主张淡化“台独”主张和发展两岸关系，但是“台独”这一基本立场没有改变。
岛内外“台独”合流，是80年代末和90年代初“台独”势力和民进党的重要活动之一。李登辉和台湾当局对“台独”的政策，由蒋家父子时期依法制裁转向“宽让和忍让”后，海外“台独”分子纷纷突破国民党当局“出入境黑名单”的控制回台，组织“台独”活动。
“台独”势力为实现向岛内发展计划，1986年11月14日，民进党海外组织代表团公开闯关回台。1988年8月19日，“世台会”第15届年会在台北县召开，与民进党联手举行“台湾人之夜”活动，这次会议是岛内外“台独”势力“大合流”之始。次年“世台会”在高雄召开第16届年会，“会长”李宪荣偷渡回台。1989年9月28日，许信良由福建外海偷渡入台，但被判刑6年8个月。1989年底“独盟”副主席郭倍宏突破黑名单的限制，闯关潜入台湾，造成当时风靡一时的“郭倍宏旋风”；1991年10月间“独盟台湾本部”成立，郭被推举为“第一副主席”。
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